在生理狀態(tài)下把細胞內的DNA與蛋白質(zhì)交聯(lián)在一起，通過(guò)超聲或酶處理將染色質(zhì)切為小片段后，利用抗原抗體的特異性識別反應，將與目的蛋白相結合的DNA片段沉淀下來(lái)，以富集存在組蛋白修飾或者轉錄調控的DNA片段，再通過(guò)多種下游檢測技術(shù)（定量PCR、基因芯片、測序等）來(lái)檢測此富集片段的DNA序列。(檢測相關(guān)技術(shù)服務(wù)：Real-timePCR技術(shù)服務(wù)、基因芯片及結果驗證服服務(wù)、高通量測序及結果驗證服務(wù))

　　免疫沉淀CHIP技術(shù)實(shí)驗步驟

　　染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)包括3個(gè)獨立的步驟，即固定、沉淀和檢測。

　　1、固定

　　甲醛能有效的使蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)，蛋白質(zhì)-DNA，蛋白質(zhì)-RNA交聯(lián)，形成生物復合體，防止細胞內組分的重新分布。首先在體內用甲醛固定DNA和蛋白質(zhì)復合物，需要注意甲醇的交聯(lián)時(shí)間，如果過(guò)長(cháng)，細胞染色質(zhì)難以用超聲波破碎，影響ChIP結果，而且實(shí)驗材料也容易在離心過(guò)程中丟失；交聯(lián)時(shí)間如果過(guò)短，則交聯(lián)不*，產(chǎn)生假陰性。交聯(lián)反應可加入甘氨酸終止。然后用化學(xué)（微球菌酶）或者機械（超聲波）的手段將其隨機切成一定長(cháng)度的染色質(zhì)小片段（200～1000bp）。

　　2、免疫沉淀

　　利用目的蛋白質(zhì)或者目的蛋白質(zhì)上標簽的特異性抗體，通過(guò)抗原和抗體反應形成DNA－蛋白質(zhì)－抗體復合體，然后沉淀此復合體，特異性地富集目的蛋白結合的DNA片段。

　　3、目的片段的純化與檢測

　　經(jīng)過(guò)熱處理及交聯(lián)，釋放共沉淀的DNA；再將DNA片段純化后，對沉淀的DNA樣品進(jìn)行檢測。目前檢測方法主要有3種：第1種是比較沉淀的模版與陰性和陽(yáng)性對照PCR信號強度的普通PCR實(shí)驗，或者相對精確的定量PCR方法。第2種是將沉淀的DNA與DNA微陣列芯片雜交（ChIP-on-ChIP），以檢測多基因軌跡全部的相互作用。第3種是高通量DNA測序分析。